Jaap Stam is ook tijdens het seizoen 2012-2013 als trainer actief in Zwolle. Naast zijn functie als assistent-trainer van het eerste elftal, wordt hij de teamcoach van het beloftenelftal van PEC Zwolle.
Ook Ajax wilde Jaap Stam inlijven als trainer, maar hij kiest voor Zwolle: ,,De belangrijkste reden om PEC Zwolle te verkiezen boven Ajax is voor mijn eigen ontwikkeling als trainer. Naast dat ik ervaring op kan doen als assistent-trainer in de Eredivisie, word ik verantwoordelijk voor het beloftenteam van PEC Zwolle. Ik verheug me op de nieuwe uitdaging die ons in Zwolle wacht, handhaving in de Eredivisie.”
Op dit moment worden er gesprekken gevoerd met een tweede assistent-trainer.